本校針對高等教育深耕計畫之管考機制，分為經費管考與績效管考兩個面向，執行追蹤管控方案執行計畫之進度、經費使用以及各項指標成效情形。經費與績效兩面向的管考機制分別陳述如下：

• 經費管考
  教育部核定本校經費後，本校依照各方案繳交之計畫書及預期成效，前一年度執行情形予以調整及核定各方案計畫經費。
  各方案辦理活動及使用經費前，均需陳核申請動支簽文。流程需經系、院、教資中心、會計室、採購組、秘書室等單位審閱，由各單位層層檢視，審核活動執行之預期經費及活動內容是否與計畫一致；待公文審核通過後，承辦人依簽文中所申請之項目經費執行計畫，完成後檢附相關文件辦理核銷作業。
• 績效管考

  各方案計畫於本校辦理高等教育深耕第二期計畫之初，皆已繳交五年期的方案計畫書，其內容包含計畫特色、重點執行策略與預期績效指標，並於第二年度起，依實際執行狀況及本校中程計畫修訂，按年度開放調整計畫書之相關內容，滾動式修正調整。
  每年度末，各方案執案人皆須提交當年度之成果報告書，並以其填報之預期績效指標，填報當年度執行成效，並作問題分析以利審視、檢討與調整未來的執行策略，並提交隔年度之修正計畫書。為定期檢視各方案之執行進度及確保執行方向與策略一致，以每月召開一次高教深耕計畫管考會議為原則；追蹤經費實際使用情形、檢討計畫執行成果與落實績效目標檢核。每年訂定高教深耕計畫年度內部專案稽核計畫，依計畫執行稽核高教深耕計畫經費支用與規劃及執行成效，以完善管考機制。